Lintopdrachten overslaan
Verdergaan naar hoofdinhoud

Neisseria meningitidis

:

Testaanvragen: Moleculaire subtypering door MLST en sequenering van de genen fetA en porA (VR1 en VR2)

VersiegeschiedenisVersiegeschiedenis

Type test

Moleculaire subtypering door MLST en sequenering van de genen fetA en porA (VR1 en VR2)

Info

1. Beschrijving van de test

Omschrijving:
  • MLST (Multilocus Sequence Type): Bepaling van het “sequencing type” (ST) en het “clonal complex” (CC) van Neisseria meningitidis stammen. Deze methode bestaat uit de amplificatie en sequentiebepaling  van 7 “huishoudgenen”. De MLST wordt verricht volgens de methode van Taha et al. (J Clin Microbiol 2004; 42(9):4158-4163)  en het “clonal complex” wordt toegekend volgens de nomenclatuur beschikbaar op de website Neisseria MLST (http://pubmlst.org/neisseria/). 
  • cgMLST (core genome MLST): De sequentie van een reeks “kern genoom”-genen wordt bekomen via Whole genome sequencing en vergeleken met een online databank (http://pubmlst.org/neisseria/).
  • De karakterisering van de allelen van de genen porA (hypervariabele regio 1 en 2 (VR1 en VR2)) en van gen fetA van Neisseria meningitidis. De nummers van de allelen worden toegekend volgens de nomenclatuur zoals beschikbaar op de website Neisseria.org (http://neisseria.org/nm/typing/​).

Resultaat: Deze moleculaire subtypering van Neisseria meningitidis laat toe de stammen te vergelijken om op deze manier geografische clusters en epidemieën te detecteren.

2. Doel van de test
Moleculaire subtypering door Multiple-Locus Sequence Typing en sequenering van de genen fetA en porA van Neisseria meningitidis stammen.
  
3. Criteria voor het uitvoeren van deze test in het kader van de referentie activiteiten.
Moleculaire subtypering door Multi Locus Sequence Typing en sequenering van de genen fetA en porA van alle door het NRC bevestigde Neisseria meningitidis stammen geïsoleerd uit een normaal steriele lichaamsvloeistof (lumbaal vocht, bloed, peritoneaal vocht) van patiënten die de symptomen van een acute Neisseria meningitidis infectie (meningitis, sepsis, ...) vertonen (analyse uitgevoerd in het kader van de surveillance van het NRC Neisseria). In het geval dat de stam niet bevestigd werd door kweek, mag het staal worden opgestuurd naar het NRC voor moleculaire karakterisering.
 
4. Instructies voor stalen
Type: De aanvrager stuurt een geïsoleerde en opgezuiverde Neisseria meningitidis stam geënt op een tube transportmedium of petriplaat ter analyse. De aanvrager mag ook een staal van bloed, serum of cerebrospinale vloeistof aanleveren bij afwezigheid van cultuur.
 
Minimale hoeveelheid:  nihil
 
5. Instructies voor het transport
Om veiligheidsredenen moeten de bodems in een dubbele beschermcontainer verpakt zijn en op kamertemperatuur worden bewaard. Gekoeld transport moet absoluut vermeden worden. Het recipiënt moet hermetisch gesloten zijn.
  
6. Onaanvaardbare aanvragen
Niet van toepassing.
 
7. Turn around time (en de frequentie van analyse)
Doorlooptijd: 20 werkdagen
Analysedagen: Elke weekdag ( uitgezonderd: feestdagen, verlengde weekends en de periode tussen Kerstmis en nieuwjaar).
 
8. Rapportering van testresultaten
Het analyseverslag wordt opgestuurd op de manier gewenst door de aanvrager. ​

Bijlagen

Inhoudstype: Item
Versie: 5.0
Gemaakt om 28-3-2012 13:55 door Muyldermans, Gaetan
Laatst gewijzigd op 14-6-2019 15:05 door Klamer, Sofieke