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Neisseria meningitidis

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Demandes de test: Sous-typage moléculaire par MultiLocus Sequence Typing et séquençage des gènes fet-A et porA (VR1 et VR2) des souches de Neisseria meningitidis

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Type de test

Sous-typage moléculaire par MultiLocus Sequence Typing et séquençage des gènes fet-A et porA (VR1 et VR2) des souches de Neisseria meningitidis

Info

1. Description du test 

Précisions :
  • MLST (Multilocus Sequence Type): Détermination du “sequence type” (ST) et du complexe clonal des souches de Neisseria meningitidis. Cette analyse consiste en l’amplification et le séquençage de 7  « gènes de ménage ». L’analyse MLST est réalisée selon le protocole décrit par Taha et al. (J Clin Microbiol 2004; 42(9):4158-4163) et le complexe clonal est assigné selon la nomenclature disponible sur le site web Neisseria MLST (http://pubmlst.org/neisseria/).
  • cgMLST (core genome MLST): Les séquences d’une série de gènes du « génome de base » sont obtenues par Whole genome sequencing et comparées à une base de données en ligne (http://pubmlst.org/neisseria/). 
  • Caractérisation des allèles des gènes por A (région hypervariable 1 et 2 (VR1 et VR2)) et des allèles du gène fet-A des Neisseria meningitidis. Les numéros d’allèle sont assignés selon la nomenclature disponible sur le site web Neisseria.org (http://neisseria.org/nm/typing/).
Résultat : 
Sous typage des Neisseria meningitidis permettant de comparer les souches entre elles afin de détecter les clusters géographiques et les épisodes épidémiques.
 
2. But du test
Sous-typage moléculaire par MLST, cgMLST et séquençage des gènes fet-A et porA (VR1 et VR2) des souches de Neisseria meningitidis.

3. Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence
Sous-typage moléculaire par MLST, cgMLST et séquençage des gènes fet-A et porA de toute souche de Neisseria meningitidis confirmée par le CNR et isolée d’un liquide corporel normalement stérile (tels que le LCR, le sang, le liquide péritonéal) d’un patient présentant les symptômes d’une infection à Neisseria meningitidis (analyse réalisée dans le cadre de la surveillance du CNR). Dans le cas où la souche n’est pas revivifiable, le liquide corporel (LCR ou sang) peut être envoyé au CNR pour une caractérisation par analyse moléculaire.

4. Instructions relatives aux échantillons
Type : Le demandeur envoie une souche isolée et purifiée de Neisseria meningitidis envoyée dans un tube de transport ou une boîte de Pétri par le laboratoire demandeur pour analyse. Le demandeur peut également fournir un échantillon de sang, de sérum ou de liquide céphalo-rachidien en l’absence de culture.
Quantité minimale : néant

5. Instructions relatives au transport
Acheminement dans un double emballage et à température ambiante. Il faut absolument éviter les transports réfrigérés. Le récipient doit être fermé hermétiquement.

6. Demandes non acceptées 
Pas d’application.

7. Délai pour recevoir le résultat des tests (et fréquence d'analyse)
Délais : 20 jours ouvrables          
Jours d'analyse : Tous les jours ouvrables (sauf les jours fériés, les week-ends prolongés et la période entre Noël et le Nouvel An).
8. Communication des résultats des tests
Le rapport d'analyse est envoyé de la manière souhaitée par le demandeur. 

Pièces jointes

Version : 4.0
Créé le 02/04/2012 10:28 par Muyldermans, Gaetan
Dernière modification le 14/06/2019 15:04 par Klamer, Sofieke