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Type de test

Sous-typage moléculaire de Listeria par PFGE, MLST et cgMLST

Info

 

1. Description du test  
Précisions :
  • PFGE (Pulsed-Field Gel Electrophoresis): Réalisation de l’électrophorèse en champ pulsé selon le protocole de PulseNet (Canada).
  • MLST (Multilocus Sequence Type): Détermination du “sequence type” (ST) et du complexe clonal des souches de Listeria. Cette analyse est réalisée selon la méthode de Ragon.  La nomenclature des séquences de 7  'gènes de ménage' est assignée selon une base de données en ligne (Institute Pasteur, Paris).
  • cgMLST (core genome MLST): Les séquences d’une série de gènes du 'génome de base' sont obtenues par ‘Whole genome sequencing’ et comparées à une base de données en ligne (Institut Pasteur, Paris).  
Résultat :
Sous typage des Listeria permettant de comparer les souches entre elles afin de rechercher l’origine de la contamination.
 
2. But du test 
Sous-typage moléculaire de Listeria par électrophorèse en champ pulsé et (core genome) Multi locus sequence typing.
 
3. Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence
Sous-typage moléculaire de toute Listeria monocytogenes (confirmée par le CNR) isolée d’un patient présentant les symptômes d’une listériose (analyse réalisée dans le cadre de la surveillance du CNR Listeria).
 
4. Instructions relatives aux échantillons
Type : Le demandeur envoie une souche isolée et purifiée de Listeria dans un tube de transport. La culture sur milieu liquide ou solide ou exceptionnellement ADN extrait d’un échantillon.
Quantité minimale : néant
 
5. Instructions relatives au transport 
Acheminement dans un double emballage et à température ambiante.
Le récipient doit être fermé hermétiquement.
 
6. Demandes non acceptées
Pas d’application 
 
7. Délai pour recevoir le résultat des tests (et fréquence d'analyse)
Délais : 20 jours ouvrables 
Jours d'analyse :  Tous les jours ouvrables (sauf les jours fériés, les week-ends prolongés et la période entre Noël et le Nouvel An). 

8. Communication des résultats des tests
Le rapport d'analyse est envoyé de la manière souhaitée par le demandeur.

Pièces jointes

Version : 3.0
Créé le 03/04/2012 10:53 par Muyldermans, Gaetan
Dernière modification le 07/06/2019 15:32 par Klamer, Sofieke